Från skatteplikt undantas upplåtelser av bland annat hyresrätter, bostadsrätter och andra rättigheter till fastigheter (10 kap. 35 § första stycket mervärdesskattelagen [2023:200], ML). Enligt 12 kap. 5 § ML kan dock frivillig beskattning tillämpas under vissa förutsättningar. Det är dock inte möjligt om uthyrningen avser en stadigvarande bostad.
I den utsträckning en beskattningsbar person använder varorna och tjänsterna för sina beskattade transaktioner inom landet får denne, från den mervärdeskatt som ska betalas, dra av ingående skatt som hänför sig till bland annat leverans av varor eller tillhandahållande av tjänster till den beskattningsbara personen (13 kap. 6 § ML).
Avdrag får inte göras för ingående skatt som hänför sig till stadigvarande bostad (13 kap. 26 § ML).
Enligt 13 kap. 29 § ML ska avdrag göras enligt andra stycket om den ingående skatten avser en beskattningsbar persons förvärv eller import som
- bara delvis är avdragsgill,
- görs gemensamt för flera ekonomiska verksamheter, av vilka det saknas avdragsrätt i någon, eller
- görs för en verksamhet där det delvis saknas rätt till avdrag.
Avdrag får endast göras för skatten på den del av ersättningen eller inköpspriset som hänför sig till den del av förvärvet eller importen som är avdragsgill respektive hänför sig till en verksamhet där transaktionerna medför avdragsrätt. Om denna del inte kan fastställas, får avdragsbeloppet i stället bestämmas genom uppdelning efter skälig grund.
Första och andra styckena gäller även ingående skatt som till viss del avser annat än den ekonomiska verksamheten.
I mervärdesskattedirektivet finns bestämmelser om proportionellt avdrag vid gemensamma förvärv i artiklarna 173–175.
Enligt huvudregeln i artikel 173.1 första stycket gäller att när varor och tjänster används av en beskattningsbar person såväl för transaktioner vilka medför rätt till avdrag för mervärdesskatt, som för transaktioner som inte medför rätt till avdrag, ska bara den andel av mervärdesskatten vara avdragsgill som kan hänföras till de förstnämnda transaktionerna. I andra stycket anges att den avdragsgilla andelen ska bestämmas i enlighet med artiklarna 174 och 175 för alla transaktioner som utförs av den beskattningsbara personen. Av artikel 174 framgår att den avdragsgilla andelen ska beräknas utifrån hur stor del av den beskattningsbara personens omsättning som kan hänföras till transaktioner som medför rätt till avdrag.
Högsta förvaltningsdomstolen har i avgörandet HFD 2023 ref. 45 uttalat att den tidigare bestämmelsen i 8 kap. 13 § mervärdesskattelagen (1994:200), numera 13 kap. 29 § ML, vilken föreskriver att uppdelning av ingående skatt ska ske efter skälig grund, inte anger några konkreta metoder för proportionering av ingående skatt mellan olika verksamheter. Bestämmelsen ansågs därför inte uppfylla de krav på tydlighet, precision och klarhet som EU-domstolen har ställt upp för att införliva direktivets bestämmelser på ett godtagbart sätt. Mot den enskildes vilja saknas därför grund att tillämpa ML:s metod för att bestämma andelen avdragsgill ingående skatt vid blandad verksamhet. Vidare konstaterade Högsta förvaltningsdomstolen att artiklarna 173.1 och 174 i mervärdesskattedirektivet har direkt effekt. Det innebär att en enskild kan åberopa bestämmelserna i dessa artiklar och beräkna den avdragsgilla andelen ingående skatt med direktivets omsättningsmetod. En beskattningsbar person kan därför inte vägras använda den omsättningsbaserade beräkningsmetod som anges i artikel 174.1 i direktivet för att bestämma andelen avdragsgill ingående mervärdesskatt avseende gemensamma kostnader vid s.k. blandad verksamhet.
Avdragsförbudet för stadigvarande bostad saknar motsvarighet i direktivet men får tillämpas med stöd av den s.k. stand-stillklausulen i artikel 176. Av den bestämmelsen följer att Sverige tills vidare får behålla de begränsningar i avdragsrätten för ingående mervärdesskatt som gällde vid tidpunkten för Sveriges anslutning till EU, men att det inte är tillåtet att utvidga undantagets tillämpningsområde.